2025年使用拉卡拉POS机刷1000元所扣除的手续费，主要取决于支付方式和卡类型。以下是根据当前信息整理的预测和概述：

一、信用卡支付

通常情况下，拉卡拉POS机刷信用卡的费率在0.6%左右。因此，如果消费者使用信用卡支付1000元，商家需要支付的手续费大约为6元（1000元 * 0.6%）。

二、借记卡（储蓄卡）支付

对于借记卡支付，费率相对较低，一般在0.5%左右，且通常有封顶限制。不过，由于交易金额为1000元，并未达到多数借记卡封顶限制的金额（如20元封顶），因此手续费将按照0.5%的费率计算，即5元（1000元 * 0.5%）。然而，实际的手续费可能会因具体的封顶政策而有所不同，如果封顶政策适用于该交易金额，则手续费将不会超过封顶限制。

三、扫码支付

拉卡拉POS机支持支付宝、微信等主流支付应用的扫码支付。扫码支付的费率通常较低，一般在0.38%左右。因此，如果消费者通过扫码支付1000元，商家需要支付的手续费大约为3.8元（1000元 * 0.38%）。

四、其他注意事项

1. 费率调整：需要注意的是，上述费率可能会因不同的POS机型号、代理商政策、促销活动或地区差异而有所调整。因此，在实际使用中，商家应关注拉卡拉的官方公告或联系其客服部门以获取最新的费率政策信息。
2. 优惠费率政策：拉卡拉还可能针对特定商户或特定行业推出优惠费率政策。例如，批发市场、超市等特定行业可能享受更低的费率。这些优惠费率政策旨在满足不同商户的需求，并促进业务的增长。

综上所述，2025年使用拉卡拉POS机刷1000元所扣除的手续费，根据支付方式和卡类型的不同而有所差异。在一般情况下，信用卡支付的手续费约为6元，借记卡支付的手续费约为5元（或不超过封顶限制），扫码支付的手续费约为3.8元。然而，实际的手续费可能会因多种因素而有所不同，因此商家在使用前应仔细了解最新的费率政策。